Примерный долгосрочный сюжет  (навскидку, на ближайший год-два XDDDD)

Коноха зажата в тиски собственным феодальным лордом, обвиняющим Цунаде в сговор с врагом, попытке переворота, халатности, приведшая к разрушению деревни. В частности, с пособничеством Орочимару, который руками Саске развалил деревню 5 лет назад (см. Хроники игры) И не просто развалил, а уничтожил всех троих Старейшин. Хоть в итоге и сам погиб в огне Аматерасу. Прежде чем сверху пришел приказ Даймё об отлучении Цунаде от поста Хокаге, она успела назначить своим преемником Сарутоби Асуму, а в число новых Старейшин вошли опальные Шикамару и Итачи вместе с Наруто и Шизуне. Однако Феодальный Лорд на смещении Цунаде не успокоился. Его тревожило растущее влияние Конохи у себя под носом, и он, чтобы добиться большего подчинения, устроил деревне Скрытого Листа небольшую экономическую блокаду. Шиноби - это в первую очередь наемники. Стараниями новой политики подчинения чрезмерно обособившейся скрытой деревни резко упал спрос на заказы услуг ниндзя, задрали цены на пошлины ввозимых в Коноху продуктов. Единственным выходом было отсылать бойцов Листа в другие страны на заработки, что ослабило и без того потрепанную Коноху, и налаживать с Суной тесный союз и взаимопомощь. Поэтому Хокаге и его окружение вынуждены вести теневую политику: тесное сотрудничество с Суной, взаимная помощь в подготовке молодых шиноби. Взрослые же ниндзя вынуждены заключать договоры с заказчиками не на прямую, а надолго уходить на мисссии в другие страны, поскольку работы для них в стране Огня нет. Приказом Феодала запрещено нанимать конохских шиноби. Напряжение растет и из-за оппозиции Корня, который возглавил преемник Данзо Хаяма - единственный, как и Сай, выживший после устроенного Учихой пожара Аматерасу. Хаяма открыто поддерживает политику Феодала, подчиняясь ему напрямую и активно вмешиваясь в дела Хокаге и АНБУ.

Противостояние усложняется третьей стороной - набирающей мощь Деревней Скрытой в Леднике, которую возглавляет Кабуто, ставший надежным союзником Феодала страны Огня и являющийся лютым врагом Конохи. Надо ли говорить, что Хокаге и остальные вынуждены терпеть "союзника", но сами ведут разведку и контр-разведку и не ослабляют бдительности ни на секунду. Особенные опасения внушает то, что Кабуто вывел из крови Саске и сетчатки Хьюг некий геном, своим происхождением обязанный демонам. И внедрил его своим подопытным. Из тех, кто выжил, получились люди со способностями демонов, наподобие Проклятой Печати Орочимару, получившие название Они. Их же Кабуто в знак дружбы предоставил Феодалу Огня в качестве телохранителей.

Однако Они - меньшее из зол. Орочимару, осуществив давнюю мечту своего погибшего клана, возрождает Восьмихвостого демона-Змея в Саске, в котором соединились силы двух издревле враждовавших кланов. Дорвавшись до почти безграничной силы и власти, Саске воскрешает убитую им Киями, бывшую ученицу Кабуто. Но как справедливо говорится в одном известном аниме: "Ничто на свете не достается даром". Учиха нарушил пространственный континуум. Существовавшие в трех разных плоскостях Миры Мертвых, Демонов и Живых начинают сближаться. Ознаменовалось это многочисленными прорывами в реальность в сильных по энергетике местам - на местах древних сражений, многочисленной гибели и захоронения людей, возле храмов. А из разрывов повалили враждебные и не очень существа других миров. Что чревато если не концом света, то исчезновением людей, которым места в новом мире не найдется.

Тем временем дзенину Кири Утакате поручено разыскать и уничтожить скрывающегося нукенина, бывшего ойнина Хаку. По информации, он уже несколько лет скрывается в Конохе и прервал все связи с прошлым. Утаката и не подозревает, что это во много предлог выманить его подальше из Кири, ведь на запечатанного в нем Рокуби имеют виды и шиноби Ледника во главе с Кабуто, который приплатил наемникам за нейтрализацию и доставку джинчуурики, еще не подозревающего, что он носитель демона. Да и Акацки еще не отказались от идеи своего тайного лидера Мадары собрать всех биджу, тем более что в стане "черноплащников" зреет новый раскол, и исходит он от Нагато и поддерживающей его Конан...